Karya Yesuit di Indonesia diawali dengan karya Santo Fransiskus Xaverius dan beberapa imam lainnya di Maluku sejak pertengahan abad ke-16.[2] Tetapi karena perseteruan Portugal dan Spanyol, karya Yesuit ditarik pada pertengahan abad ke-17.[2]

Pada 1859 van den Elzen, SJ dan J.B. Palinckx, SJ tiba di Indonesia, dan memulai kembali karya Yesuit di Indonesia.[2] Pada 1893 W.J. Staal, SJ ditugaskan sebagai Vikaris Apostolik yang berkedudukan di Batavia.[2]

Pada 14 Desember 1904, Van Lith, SJ membaptis 171 orang di Sendangsono, Muntilan, Jawa Tengah, setelah sebelumnya 4 orang dari desa Kalibawang dibaptis pada 20 Mei 1904.[2] Van Lith juga membangun sekolah seminari menengah di Muntilan.[2] Seminari ini akhirnya menghasilkan para imam Yesuit pertama dari Indonesia yang ditahbiskan antara tahun 1926–1928 yaitu F.X. Satiman, SJ, A. Djajasepoetra, SJ, dan Albertus Soegijapranata, SJ. Dengan keputusan Paus Pius XII pada tanggal 1 Agustus 1940 Vikariat Apostolik Semarang didirikan, dengan uskup pertamanya Albertus Soegijapranata, SJ, sebagai uskup pribumi Indonesia pertama.[2] Seorang imam diosesan, Yustinus Darmojuwono, Pr. kemudian menggantikannya sebagai Uskup Agung Semarang sejak 1964 dan kemudian diangkat menjadi kardinal pertama dari Indonesia pada 26 Juni 1967.[2] Yustinus Darmojuwono kemudian digantikan oleh Julius Darmaatmadja, SJ sebagai uskup agung Semarang dan kemudian menjadi uskup agung Jakarta dan diangkat sebagai kardinal kedua dari Indonesia.lalu digantikan oleh Ignatius Suharyo,Pr 29 Juni 2010.[2]

Dewasa ini karya Yesuit Indonesia tersebar di 7 keuskupan di Indonesia sebagai berikut:[2]

• Keuskupan Agung Jakarta
• Keuskupan Agung Semarang
• Keuskupan Malang
• Keuskupan Agung Medan
• Keuskupan Bogor
• Keuskupan Manokwari-Sorong
• Keuskupan Timika